Image Jで複数の画像を同時にグレースケール化、サイズ変更を行う方法

(1)処理を行いたい画像ファイルを同じフォルダーに集めておく。画像ファイル以外のファイルは、このフォルダーには入れない。

(2)Image Jで「File」→「Import」→「image Sequence」として、読み込むファイルの一つを選択する。

そうすると一つのウィンドウに全画像が読み込まれる。

(3)「Image」→「Type」→「8bit」とすると256諧調のグレースケール画像になる。

(4)「Image」→「Adjust」→「Size」として、変更したいサイズを入力する。縦横の比率を代えないためには、「Constrain aspect ratio」にチェックを入れる。

Averaging when downsizing→on

Interpolation→Bicubic

今回は2560×1920を640×480に縮小する

(5)File→Save as→Image Sequenceで別々のファイルとして保存

電源誤って切った＆マザボ焼け焦げからの復旧

新たにマザボ購入X8DTI-F

組み立てたがなかなか立ち上がらず。
オンボードのVGAなら、Bios立ち上がるが、CentOSのブートの途中で止まってしまう。
VGAカードを取り付けた場合、モニターが全く映らず。

以下の手順でVGAカードを取り付けCentOSの立ち上げに成功。



(1)PCI-EXPをEnableにする。
具体的には、JI2C1 & JI2C2のジャンパをEnable (1-2接続)
なお、この作業は電源OFF＆電源のコンセント取り外しの状態で行う。

(2)オンボードVGAをEnableにする。
具体的には、JPG1のジャンパをEnable (1-2接続)
なお、この作業は電源OFF＆電源のコンセント取り外しの状態で行う。

(3)オンボードVGAのコネクタにモニタをつないで電源を入れる。

(4)BIOS設定画面に入る。

(5)BIOS設定画面で優先VGAを”Slot 4”（PCI-EXP X16のスロット)に設定する。
→これがポイント。これに気が付かず無駄な時間を消費してしまった...

(6)電源を切る。

(6)VGAカードのコネクタにモニタをつなぎかえる。

(7)電源を入れる。CentOSが立ち上がるはず。

電源を誤って切ってしまった→マザボの一部が焼け焦げている

GTX-Tianの下。
ジャンパーらしきものが完全に融けている。
コネクタも変形。コンデンサも液漏れしている。
長時間ＭＤを走らせたためか？

GROMACS MLより

You might want to consider OPLS-AA 2005 as implemented in the Shorodinger software. The Schrodinger Maestro is FREE for academia, after registering you can download it and use. There is an utility "ffld_server", which is able to automatically assign OPLS-AA 2005 to any ligand molecule. Once you have the output of ffld_server, you can convert this into gromacs topology format by a python program called "ffconv.py" (see? http://frolov-pchem.wikispaces.com/Downloads ). Also you can check if the conversion in your case was correct by "check_conversion.sh" script therein. This is well-documented and has real-life examples, so it is easy to start using this. See the documentation inside.

VMDを使って、trrファイルから動画ファイルを作成する方法

VMDを起動

「File」→「New Molecule」でtrrファイルを読み込む

「File」→「Load Data Into Molecule」で該当するgroファイルを読み込む

表示形式等を整える

「Extensions」→「Visualization」→「Movie Maker」

出力形式を整える

　・VMDのDisplay上の画面をそのまま動画にする場合は

　　　Renderer→Snapshot (Screen Capture)

  　　Movie Setting→Trajectory

にする。

「Make Movie」で動画作成開始

オリンパスの古い顕微鏡の試料のダウンロード先【シミュレーションと関係ないが..】

http://www.alanwood.net/photography/olympus/downloads.html#bh3

トラジェクトリーファイルのアニメーション表示の際の分子のジャンプを消す方法

trjconv -pbc nojump