GLYCAMで作成したamber用のトポロジーファイル＆分子座標ファイルをGROMACS用に変換する方法

acpypeを使う。

acpype/testフォルダにGLYCAM Biomolecule Builderで作成したトポロジーファイルと分子座標ファイルを入れ、以下のコマンドを実施

$ ../acpype.py -p トポロジーファイル名 -x 分子座標ファイル名 -r --gmx45

最後の -r --gmx45はGROMACS4.5以上に対応したファイル出力のため。

これでGROMACSのトポロジーファイル並びにgroファイルが出力される。