GROMACS MLより

You might want to consider OPLS-AA 2005 as implemented in the Shorodinger software. The Schrodinger Maestro is FREE for academia, after registering you can download it and use. There is an utility "ffld_server", which is able to automatically assign OPLS-AA 2005 to any ligand molecule. Once you have the output of ffld_server, you can convert this into gromacs topology format by a python program called "ffconv.py" (see? http://frolov-pchem.wikispaces.com/Downloads ). Also you can check if the conversion in your case was correct by "check_conversion.sh" script therein. This is well-documented and has real-life examples, so it is easy to start using this. See the documentation inside.

VMDを使って、trrファイルから動画ファイルを作成する方法

VMDを起動

「File」→「New Molecule」でtrrファイルを読み込む

「File」→「Load Data Into Molecule」で該当するgroファイルを読み込む

表示形式等を整える

「Extensions」→「Visualization」→「Movie Maker」

出力形式を整える

　・VMDのDisplay上の画面をそのまま動画にする場合は

　　　Renderer→Snapshot (Screen Capture)

  　　Movie Setting→Trajectory

にする。

「Make Movie」で動画作成開始