GROMACS MLより

You might want to consider OPLS-AA 2005 as implemented in the Shorodinger software. The Schrodinger Maestro is FREE for academia, after registering you can download it and use. There is an utility "ffld_server", which is able to automatically assign OPLS-AA 2005 to any ligand molecule. Once you have the output of ffld_server, you can convert this into gromacs topology format by a python program called "ffconv.py" (see? http://frolov-pchem.wikispaces.com/Downloads ). Also you can check if the conversion in your case was correct by "check_conversion.sh" script therein. This is well-documented and has real-life examples, so it is easy to start using this. See the documentation inside.

VMDを使って、trrファイルから動画ファイルを作成する方法

VMDを起動

「File」→「New Molecule」でtrrファイルを読み込む

「File」→「Load Data Into Molecule」で該当するgroファイルを読み込む

表示形式等を整える

「Extensions」→「Visualization」→「Movie Maker」

出力形式を整える

　・VMDのDisplay上の画面をそのまま動画にする場合は

　　　Renderer→Snapshot (Screen Capture)

  　　Movie Setting→Trajectory

にする。

「Make Movie」で動画作成開始

オリンパスの古い顕微鏡の試料のダウンロード先【シミュレーションと関係ないが..】

http://www.alanwood.net/photography/olympus/downloads.html#bh3

トラジェクトリーファイルのアニメーション表示の際の分子のジャンプを消す方法

trjconv -pbc nojump

GLYCAMで作成したamber用のトポロジーファイル＆分子座標ファイルをGROMACS用に変換する方法

acpypeを使う。

acpype/testフォルダにGLYCAM Biomolecule Builderで作成したトポロジーファイルと分子座標ファイルを入れ、以下のコマンドを実施

$ ../acpype.py -p トポロジーファイル名 -x 分子座標ファイル名 -r --gmx45

最後の -r --gmx45はGROMACS4.5以上に対応したファイル出力のため。

これでGROMACSのトポロジーファイル並びにgroファイルが出力される。

80%Sucrose 680Kシミュレーション→なぜか終了予定がどんどん延びる。

圧力制御Berendsen　10ns　680K平衡化
なぜか終了予定時間がどんどん伸びる。5ns/dayどころか、1～2ns/dayまで落ち込む気配。
理由わからず。初めのドメイン分割＆カットオフ最適化が時間がたつにつれ、最適でなくなる？

2014/4/28
トラジェクトリーをVMDで観察。水分子とsucroseが分離している。水分子が沸騰している？

X5650×2 (合計24スレッド@2.66GHz)+GTX-TITANのテスト

手元に余分のグラボがないため、GTX-TITANはディスプレーが接続している状態。

Xeon X5650×2+GTX TITAN
8.289ns/day

Core i7 X980@3.33GHz  +GTX TITAN (計算専用、ディスプレー接続にはGTX 285を接続)
6.022ns/day

約38％の速度向上