GROMACS Tips: Time stepを大きくとった時

GROMACSで、h-bonds constrainなどして、Time stepを大きくとった
シミュレーションを行った時、分子の動きが速すぎて、エラーがでることがある。特にEMのプロセス。
どうやら、Domain間を大きくまたいで分子が動く場合に、そのようなエラーが出るらしい。
その時は、あえてthreadの数を減らして、Domainサイズを大きくとると解消されることがある。
Groamcs4.5.3では以下のように-ntオプションでthreadの数を指定できる。

$mdrun -nt スレッドの数

何も指定しないと、搭載されているCPUのコアから適当にスレッドの数がきめられる。
ここの数を1から大きくしていき、エラーが出ず、かつ実行速度が大きくなるような数に設定する。

GTX TITANを追加してみる

P6T7 WS Supercomputer & Core i7 980 &1 GTX TITANにGTX　TITANを追加してみる。
GROMACSの溶液シミュレーションがどれだけ高速化するかcheck

シミュレーション系：
1分子45原子×500分子=22500原子からなる系
NPTアンサンブル

シミュレーションのおよその結果:
Core i7 980のみ　3.5ns/day
Core i7 980+1 GTX TITAN  5ns/day
Core i7 980+2 GTX TITAN 5ns/day

ほとんど効果なし。



 

8core Xeon マシン アップグレード

CPU:
X5550(2.66GHrz:4core8thread)×2→X5650(2.66GHrz:6core12thread)×2

Motherboard:
X8DT(PCIeX16 1)→X8DAI(PCIeX16 2)

GPGPU:
ASUS GTX TITANの追加