GROMACS Tips: Time stepを大きくとった時

GROMACSで、h-bonds constrainなどして、Time stepを大きくとった
シミュレーションを行った時、分子の動きが速すぎて、エラーがでることがある。特にEMのプロセス。
どうやら、Domain間を大きくまたいで分子が動く場合に、そのようなエラーが出るらしい。
その時は、あえてthreadの数を減らして、Domainサイズを大きくとると解消されることがある。
Groamcs4.5.3では以下のように-ntオプションでthreadの数を指定できる。

$mdrun -nt スレッドの数

何も指定しないと、搭載されているCPUのコアから適当にスレッドの数がきめられる。
ここの数を1から大きくしていき、エラーが出ず、かつ実行速度が大きくなるような数に設定する。