GLYCAMで作成したamber用のトポロジーファイル＆分子座標ファイルをGROMACS用に変換する方法

acpypeを使う。

acpype/testフォルダにGLYCAM Biomolecule Builderで作成したトポロジーファイルと分子座標ファイルを入れ、以下のコマンドを実施

$ ../acpype.py -p トポロジーファイル名 -x 分子座標ファイル名 -r --gmx45

最後の -r --gmx45はGROMACS4.5以上に対応したファイル出力のため。

これでGROMACSのトポロジーファイル並びにgroファイルが出力される。

80%Sucrose 680Kシミュレーション→なぜか終了予定がどんどん延びる。

圧力制御Berendsen　10ns　680K平衡化
なぜか終了予定時間がどんどん伸びる。5ns/dayどころか、1～2ns/dayまで落ち込む気配。
理由わからず。初めのドメイン分割＆カットオフ最適化が時間がたつにつれ、最適でなくなる？

2014/4/28
トラジェクトリーをVMDで観察。水分子とsucroseが分離している。水分子が沸騰している？

X5650×2 (合計24スレッド@2.66GHz)+GTX-TITANのテスト

手元に余分のグラボがないため、GTX-TITANはディスプレーが接続している状態。

Xeon X5650×2+GTX TITAN
8.289ns/day

Core i7 X980@3.33GHz  +GTX TITAN (計算専用、ディスプレー接続にはGTX 285を接続)
6.022ns/day

約38％の速度向上

 

GROMACS4.6.5のインストール

(1)FFTWのインストール

fftw-3.3.4.tar.gzを解凍

cd fftw-3.3.4 (解凍されてできたフォルダの中に入る）

./configure --eneble-sse2 --eneble-float  --enable-shared(root権限で）

make

make install

(2)cmake (2.8以上)のインストール
デフォルトではCentOSには2.8以上はインストールされていない。
以下のサイトからrpmパッケージを取得しインストール

http://rpmfind.net/linux/rpm2html/　とか

http://pkgs.org/centos-6/atrpms-testing-x86_64/cmake-2.8.4-1.el6.x86_64.rpm.html


(3) gromacs-4.6.5のインストール
cmake .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-5.5

make

make install

(4)gromacsのパス設定

rootでログインする。

/etc/profile.d フォルダ直下にgromacs_start.shというファイルを作り、以下を入力して保存する

#!/bin/bash
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC


また、cuda用に同じくcuda_start.shというファイルを作り、以下のを入力して保存する

#!/bin/bash
export PATH=/usr/local/cuda-5.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-5.5/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

 

cuda 5.5をインストールする

cuda_5.5.22_linux_64.runをダウンロード

$su でスーパーユーザーになる

#init 3 (GUIから抜ける）

#bash cuda_5.5.22_linux_64.run

終了後、
#init 5　(GUIに復帰）