2014年4月23日水曜日

80%Sucrose 680Kシミュレーション→なぜか終了予定がどんどん延びる。

圧力制御Berendsen 10ns 680K平衡化
なぜか終了予定時間がどんどん伸びる。5ns/dayどころか、1~2ns/dayまで落ち込む気配。
理由わからず。初めのドメイン分割&カットオフ最適化が時間がたつにつれ、最適でなくなる?

2014/4/28
トラジェクトリーをVMDで観察。水分子とsucroseが分離している。水分子が沸騰している?

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