GROMACS4.6.5のインストール

(1)FFTWのインストール

fftw-3.3.4.tar.gzを解凍

cd fftw-3.3.4 (解凍されてできたフォルダの中に入る）

./configure --eneble-sse2 --eneble-float  --enable-shared(root権限で）

make

make install

(2)cmake (2.8以上)のインストール
デフォルトではCentOSには2.8以上はインストールされていない。
以下のサイトからrpmパッケージを取得しインストール

http://rpmfind.net/linux/rpm2html/　とか

http://pkgs.org/centos-6/atrpms-testing-x86_64/cmake-2.8.4-1.el6.x86_64.rpm.html


(3) gromacs-4.6.5のインストール
cmake .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-5.5

make

make install

(4)gromacsのパス設定

rootでログインする。

/etc/profile.d フォルダ直下にgromacs_start.shというファイルを作り、以下を入力して保存する

#!/bin/bash
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC


また、cuda用に同じくcuda_start.shというファイルを作り、以下のを入力して保存する

#!/bin/bash
export PATH=/usr/local/cuda-5.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-5.5/lib64:$LD_LIBRARY_PATH