電源誤って切った＆マザボ焼け焦げからの復旧

新たにマザボ購入X8DTI-F

組み立てたがなかなか立ち上がらず。
オンボードのVGAなら、Bios立ち上がるが、CentOSのブートの途中で止まってしまう。
VGAカードを取り付けた場合、モニターが全く映らず。

以下の手順でVGAカードを取り付けCentOSの立ち上げに成功。



(1)PCI-EXPをEnableにする。
具体的には、JI2C1 & JI2C2のジャンパをEnable (1-2接続)
なお、この作業は電源OFF＆電源のコンセント取り外しの状態で行う。

(2)オンボードVGAをEnableにする。
具体的には、JPG1のジャンパをEnable (1-2接続)
なお、この作業は電源OFF＆電源のコンセント取り外しの状態で行う。

(3)オンボードVGAのコネクタにモニタをつないで電源を入れる。

(4)BIOS設定画面に入る。

(5)BIOS設定画面で優先VGAを”Slot 4”（PCI-EXP X16のスロット)に設定する。
→これがポイント。これに気が付かず無駄な時間を消費してしまった...

(6)電源を切る。

(6)VGAカードのコネクタにモニタをつなぎかえる。

(7)電源を入れる。CentOSが立ち上がるはず。

電源を誤って切ってしまった→マザボの一部が焼け焦げている

GTX-Tianの下。
ジャンパーらしきものが完全に融けている。
コネクタも変形。コンデンサも液漏れしている。
長時間ＭＤを走らせたためか？

GROMACS MLより

You might want to consider OPLS-AA 2005 as implemented in the Shorodinger software. The Schrodinger Maestro is FREE for academia, after registering you can download it and use. There is an utility "ffld_server", which is able to automatically assign OPLS-AA 2005 to any ligand molecule. Once you have the output of ffld_server, you can convert this into gromacs topology format by a python program called "ffconv.py" (see? http://frolov-pchem.wikispaces.com/Downloads ). Also you can check if the conversion in your case was correct by "check_conversion.sh" script therein. This is well-documented and has real-life examples, so it is easy to start using this. See the documentation inside.

VMDを使って、trrファイルから動画ファイルを作成する方法

VMDを起動

「File」→「New Molecule」でtrrファイルを読み込む

「File」→「Load Data Into Molecule」で該当するgroファイルを読み込む

表示形式等を整える

「Extensions」→「Visualization」→「Movie Maker」

出力形式を整える

　・VMDのDisplay上の画面をそのまま動画にする場合は

　　　Renderer→Snapshot (Screen Capture)

  　　Movie Setting→Trajectory

にする。

「Make Movie」で動画作成開始

オリンパスの古い顕微鏡の試料のダウンロード先【シミュレーションと関係ないが..】

http://www.alanwood.net/photography/olympus/downloads.html#bh3

トラジェクトリーファイルのアニメーション表示の際の分子のジャンプを消す方法

trjconv -pbc nojump

GLYCAMで作成したamber用のトポロジーファイル＆分子座標ファイルをGROMACS用に変換する方法

acpypeを使う。

acpype/testフォルダにGLYCAM Biomolecule Builderで作成したトポロジーファイルと分子座標ファイルを入れ、以下のコマンドを実施

$ ../acpype.py -p トポロジーファイル名 -x 分子座標ファイル名 -r --gmx45

最後の -r --gmx45はGROMACS4.5以上に対応したファイル出力のため。

これでGROMACSのトポロジーファイル並びにgroファイルが出力される。

80%Sucrose 680Kシミュレーション→なぜか終了予定がどんどん延びる。

圧力制御Berendsen　10ns　680K平衡化
なぜか終了予定時間がどんどん伸びる。5ns/dayどころか、1～2ns/dayまで落ち込む気配。
理由わからず。初めのドメイン分割＆カットオフ最適化が時間がたつにつれ、最適でなくなる？

2014/4/28
トラジェクトリーをVMDで観察。水分子とsucroseが分離している。水分子が沸騰している？

X5650×2 (合計24スレッド@2.66GHz)+GTX-TITANのテスト

手元に余分のグラボがないため、GTX-TITANはディスプレーが接続している状態。

Xeon X5650×2+GTX TITAN
8.289ns/day

Core i7 X980@3.33GHz  +GTX TITAN (計算専用、ディスプレー接続にはGTX 285を接続)
6.022ns/day

約38％の速度向上

 

GROMACS4.6.5のインストール

(1)FFTWのインストール

fftw-3.3.4.tar.gzを解凍

cd fftw-3.3.4 (解凍されてできたフォルダの中に入る）

./configure --eneble-sse2 --eneble-float  --enable-shared(root権限で）

make

make install

(2)cmake (2.8以上)のインストール
デフォルトではCentOSには2.8以上はインストールされていない。
以下のサイトからrpmパッケージを取得しインストール

http://rpmfind.net/linux/rpm2html/　とか

http://pkgs.org/centos-6/atrpms-testing-x86_64/cmake-2.8.4-1.el6.x86_64.rpm.html


(3) gromacs-4.6.5のインストール
cmake .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-5.5

make

make install

(4)gromacsのパス設定

rootでログインする。

/etc/profile.d フォルダ直下にgromacs_start.shというファイルを作り、以下を入力して保存する

#!/bin/bash
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC


また、cuda用に同じくcuda_start.shというファイルを作り、以下のを入力して保存する

#!/bin/bash
export PATH=/usr/local/cuda-5.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-5.5/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

 

cuda 5.5をインストールする

cuda_5.5.22_linux_64.runをダウンロード

$su でスーパーユーザーになる

#init 3 (GUIから抜ける）

#bash cuda_5.5.22_linux_64.run

終了後、
#init 5　(GUIに復帰）

GROMACS Tips: Time stepを大きくとった時

GROMACSで、h-bonds constrainなどして、Time stepを大きくとった
シミュレーションを行った時、分子の動きが速すぎて、エラーがでることがある。特にEMのプロセス。
どうやら、Domain間を大きくまたいで分子が動く場合に、そのようなエラーが出るらしい。
その時は、あえてthreadの数を減らして、Domainサイズを大きくとると解消されることがある。
Groamcs4.5.3では以下のように-ntオプションでthreadの数を指定できる。

$mdrun -nt スレッドの数

何も指定しないと、搭載されているCPUのコアから適当にスレッドの数がきめられる。
ここの数を1から大きくしていき、エラーが出ず、かつ実行速度が大きくなるような数に設定する。

GTX TITANを追加してみる

P6T7 WS Supercomputer & Core i7 980 &1 GTX TITANにGTX　TITANを追加してみる。
GROMACSの溶液シミュレーションがどれだけ高速化するかcheck

シミュレーション系：
1分子45原子×500分子=22500原子からなる系
NPTアンサンブル

シミュレーションのおよその結果:
Core i7 980のみ　3.5ns/day
Core i7 980+1 GTX TITAN  5ns/day
Core i7 980+2 GTX TITAN 5ns/day

ほとんど効果なし。



 

8core Xeon マシン アップグレード

CPU:
X5550(2.66GHrz:4core8thread)×2→X5650(2.66GHrz:6core12thread)×2

Motherboard:
X8DT(PCIeX16 1)→X8DAI(PCIeX16 2)

GPGPU:
ASUS GTX TITANの追加